یکی دیگر از پروژه هایی که قرار است به بافت تاریخی شیراز ضربه بزند، پروژه زیرگذر حضرتی است که در راستای اجرای آن، بدنه های تاریخی تخریب خواهند شد. این پروژه با مصوبه تعیین محدوده برای ۱۶۸ شهر تاریخی مغایرت اساسی دارد اما کار کلنگ زنی انجام و گودبرداری آغاز شده و با این حساب پس از مدتی کل بافت تاریخی شیراز نابود خواهد شد.