به گزارش برنا، متن پیام تسلیت سرلشکر باقری به این شرح است:
انا لله و انا الیه راجعون إِذَامَاتَ الْعَالِمُ الفقیه ثُلِمَ فِی الْإِسْلَامِ ثُلْمَةٌ لَا یَسُدُّهَا شَیْءٌ إِلَی یَوْمِ الْقِیَامَةِ. ضایعه جانگداز ارتحال فیلسوف عالیقدر و مجاهد آیت الله محمد تقی مصباح یزدی (ره)رئیس موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی (ره)، موجب اندوه و تاثر فراوان گردید . بی تردید مجاهدت‌های آن عالم برجسته و جلیل القدر طی عمر پربرکت خود در تبیین و اعتلای اسلام عزیز با زبانی گویا و نافذ و خلق آثار و تالیفات برجسته و مرجع در فلسفه و معارف اسلامی و ارائه نظریه سیاسی اسلام و تربیت شاگردان و اساتید ممتاز، متعهد ، انقلابی و ولایی و برخوردار از بصیرت در حوزه و دانشگاه و ایفای نقش ها و خدمات ماندگار در مجلس خبرگان رهبری و اتخاذ مواضع هوشمندانه و انقلابی در تبیین و صیانت از اصول، مبانی و گفتمان انقلاب اصیل اسلامی که از وی شخصیتی برجسته و دارای جایگاه والا و منحصر بفرد نزد آحاد مردم بویژه نخبگان و برجستگان جامعه در بزنگاه‌های حساس در دهه های اخیر ساخته بود، برای همیشه زنده و راهنمای نسل های دلسوز و علاقمند به عزت و سربلندی اسلام و ایران عزیز از جمله در حوزه‌های علمیه ودانشگاه‌ها خواهد بود.
اینجانب رحلت آن متفکر برجسته و فقیه انقلابی و پارسا را به پیشگاه مقدس حضرت بقیه الله الاعظم(عج ) مقام معظم رهبری( مدظله العالی) مراجع عظام، حوزه های علمیه ،جامعه دانشگاهی کشور و به ویژه بیت مکرم و مصیبت دیدگان معزز تسلیت و تعزیت عرض نموده و از درگاه احدیت برای آن فقید سعید رحمت، مغفرت و جنت الهی و برای بازماندگان، شاگردان و ارادتمندان ایشان، صبر و شکیبایی و سکینه قلبی مسئلت می نمایم.