به نقل از روابط عمومی بانک پاسارگاد، این اسکناس ها دارای ویژگی های امنیتی خاصی هستند. کاغذ این اسکناس ها بازتاب نور ماورا بنفش را منعکس نمی‌کند و در سطح کاغذ از الیاف فلورسنتی نامرئی استفاده شده است. این الیاف زیر نور ماوراء‌بنفش در ۴رنگ قابل مشاهده است. همچنین امضا و شماره سریال‌ها با استفاده از مرکب فلورسنتی چاپ شده‌اند که در زیر نور ماوراء‌بنفش به رنگ زرد و طلایی قابل مشاهده است.
سایر ویژگی‌های امنیتی اسکناس ۵۰.۰۰۰ریالی:
از جمله ویژگی‌های امنیتی اسکناس جدید ۵۰.۰۰۰ ریالی می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
طراحی خطی: طراحی کلیه نقوش اسکناس به صورت خطی و با استفاده از نرم افزارهای امنیتی انجام گرفته است و هر خط حامل اطلاعات مربوط به رنگ خود می باشد، در صورتی که در نمونه‌های جعلی خطوط از ترکیب نقاط رنگی تشکیل شده‌اند و به‌راحتی به وسیله ابزار بزرگ‌نمایی قابل تشخیص‌اند.
طراحی‌خطی سه بعدی (مدالین): طراحی ویژه‌ای در این اسکناس‌ها استفاده شده است که در آن نقش‌ها بصورت برجسته به‌نظر می‌آیند.
طرح مکمل: این طرح به‌صورت عدد ارزشی اسکناس به‌گونه‌ای چاپ شده است که قسمتی از طرح در رو و قسمتی دیگر در پشت اسکناس قرار گرفته است. این طرح‌ها در مقابل نور همدیگر را کامل می‌کنند.
طرح مخفی: این طرح در چاپ برجسته به صورت مخفی قرار دارد و با قرار دادن اسکناس در راستای چشم به شکل تقریبا افقی، در مقابل نور نمایان خواهد شد.
چاپ برجسته: این چاپ به سهولت با انگشتان دست قابل لمس و شناسایی است. تصویر پرتره امام خمینی (ره)، عبارت بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران و ارزش اسمی اسکناس به این روش چاپ شده‌اند.
ریز نوشته (میکروپرینت): نوشته های یسبار ریزی که با ابزار بزرگ‌نمایی قابل مشاهده هستند و تنها به وسیله دستگاه‌های چاپ امنیتی چاپ می شوند.
علامت مخصوص روشندلان: علامت ویژه‌ای که توسط چاپ برجسته ایجاد می‌شود. این علامت در گوشه پایین سمت راست اسکناس برای تشخیص مبلغ توسط روشندلان قرار گرفته است و به آسانی لمس می‌شود.
واتر مارک: تصویر سه بعدی پرتره امام خمینی (ره) که به صورت مخفی در خمیره کاغذ قرار گرفته و در مقابل نور قابل رویت است.
نخ امنیتی پنجره ای هولوگرافیک: این نخ به شکلی درون کاغذ قرار گرفته است که قسمتی از آن نمایان و قسمتی دیگر در بطن کاغذ مخفی می‌باشد و با قرار دادن اسکناس در مقابل نور تمام نخ دیده می‌شود. این نخ دارای پوشش ویژه‌ای است که در مقابل نور با تغییر زاویه دید به صورت هفت رنگ دیده می‌شود. همچنین بر روی آن عبارت لایتن IR.IRAN و نشان بانک مرکزی درج شده است.
نخ امنیتی پنهان: این نخ که به صورت پنهان در خمیره کاغذ قرار گرفته است در مقابل نور به سهولت قابل رویت است و همچنین عبارت لاتین IR.IRAN بر روی آن درج شده است.
شماره سریال: شماره سریال‌ها با استفاده از مرکب قرمر و فلورسنت چاپ شده‌اند که تحت تابش اشعه ماوراء بنفش به رنگ طلایی مایل به زرد تغییر رنگ می دهند.