به گزارش برنا؛ دکتر محقق در سال ۱۳۲۷ وارد دانشگاه تهران شد و دورهٔ دکتری الهیات را در سال ۱۳۳۷ به پایان رسانید و در سال ۱۳۳۸ موفق به اخذ درجهٔ دکتری در زبان و ادبیات فارسی از دانشگاه تهران گردید و در سال ۱۳۳۹ پس از شرکت در آزمون دانشیاری به عضویت هیئت آموزشی گروه زبان و ادبیات فارسی دانشگاه تهران درآمد و پیش از آن به‌مدت نه سال در دبیرستان‌های تهران تدریس کرده بود که مدت سه سال از آن مدیر بخش کتب خطی کتابخانهٔ ملی فرهنگ هم بود. در سال ۱۳۴۰ از طرف دانشگاه لندن دعوت برای تدریس در دانشکده مطالعات مشرق‌زمین و آفریقا شد و به مدت دو سال در آن دیار به سر برد. در سال ۱۳۴۵ به مقام استادی دانشگاه نائل آمد و تا سال ۱۳۶۱ که بازنشسته گردید با همان سمت در گروه‌های زبان و ادبیات فارسی و عربی و فلسفه و علوم اجتماعی دانشگاه اجتماعی دانشگاه تهران به تدریس درس‌های مختلف پرداخت. طی سالهای ۱۳۴۷–۱۳۴۴ و ۱۳۵۷–۱۳۵۵ و ۱۳۶۱–۱۳۶۰ در دانشگاه مک‌گیل کانادا به تدریس فلسفه و کلام و عرفان اسلامی پرداخت و در سال ۱۳۴۷ شعبهٔ مؤسسهٔ مطالعات اسلامی آن دانشگاه را در تهران تأسیس کرد و نتیجهٔ آن نشر بیش از شصت اثر نفیس در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی است که با همکاری متجاوز از سی تن از استادان داخل و سی تن از استادان خارجی در دو مجموعهٔ «سلسلهٔ دانش ایرانی» و «تاریخ علوم در اسلام» فراهم آورد و به جامعهٔ علمی تقدیم داشت. ایشان در طول سالهای تحقیق و پژوهش شاهد تاثیرگذاری بی چون و چرای شیوه علامه محمد قزوینی در میان رهروان راه آن علامه فقید بوده است.
مهدی محقق در سال ۱۳۵۳ به‌عنوان رئیس انجمن استادان زبان و ادبیات فارسی برگزیده شد و با استفاده از امکانات مؤسسهٔ مطالعات اسلامی ده اثر به استادان آن رشته تقدیم داشت و نیز در همین سال به‌عنوان عضو هیئت امناء با انجمن فلسفه همکاری کرد و در نشر آثار علمی دانشمندان شیعی ایرانی به وسیلهٔ آن انجمن در این توفیق علمی سهیم گردید. پس از بازنشستگی سالی سه‌ماه در کانادا به مدت پنج‌سال تدریس کرد و پس از آن پنج‌سال در مؤسسهٔ بین‌المللی اندیشه و تمدن اسلامی به‌عنوان «استاد ممتاز فلسفهٔ اسلامی» به‌تدریس و تحقیق اشتغال ورزید و نشر مجموعه‌ای از متون و تحقیقات در زمینهٔ علوم اسلامی را بنیان نهاد که تاکنون دوازده مجلد از آن به‌وسیلهٔ آن مؤسسه در تهران و کوالالامپور در مجموعهٔ «اندیشهٔ اسلامی» منتشر شده‌است؛ و نیز به‌دعوت دانشگاه آکسفورد سالی یک‌ماه در آنجا به‌تحقیق و مطالعه دربارهٔ تاریخ پزشکی اشتغال داشته و برخی از استادان را در راهنمایی رساله‌های دکتری در زمینهٔ علوم اسلامی یاری کرده‌است.
برنامه «فرزانگان فرهنگ» با روایت و اجرای استاد بهروز رضوی و تهیه کنندگی و تالیف محمد حسینی باغسنگانی سه شنبه ها از رادیو فرهنگ پخش می شود ،علاقمندان می‌توانند این را ز ساعت ۱۶:۰۰ روی موج اف ام‌ردیف ۱۰۶ مگاهرتز و ای ام ۵۸۵ کیلوهرتز بشنوند. همچنین این برنامه در سامانه و آرشیو زمانی رادیو در سراسر جهان قابل شنیدن و دریافت است.