به گزارش برنا؛ متن پیام آیت‌الله خامنهای رهبرمعظم برای درگذشت علامه محمدرضا حکیمی به این شرح است:
«با تأسف و تأثر خبر درگذشت عالم و متفکّر برجسته جناب آقای محمدرضا حکیمی قدّس‌الله‌نفسه را دریافت کردم.
ایشان دانشمندی جامع و ادیبی چیره‌دست و اندیشه‌ورزی نوآور و اسلام‌شناسی عدالتخواه بودند. ایشان عمر را فارغ از آرایه‌ها و پیرایه‌های مادی، در خدمت معارف والای قرآن و سنّت گذرانده و آثاری ارزشمند از خود به جا نهادند. بهره‌گیری از محضر پر فیض و نفس گرمِ استادان معرفت و معنویت در مشهد مقدس، ذخیره‌ئی از توکل و تعبّد و غنای نفس در دل و جان این شخصیت عزیز به جا نهاده بود که تا آخر عمر با برکتش وی را استوار می‌داشت.
اینجانب فقدان اندوهبار این رفیق دیرین را به خاندان مکرّم حکیمی و بازماندگان بویژه برادر بزرگوار ایشان و نیز به همه دوستان و علاقه‌مندان آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای وی مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنهای
شهریور ۱۴۰۰»