به گزارش برنا، در متن پیام سید محمد حسینی آمده است: ارتحال علامه حکیمی، حکیم بلند آوازه خراسان، دوستداران معارف ناب اسلامی را غرق در اندوه و ماتم کرد. حضرت استاد حکیمی فخر اندیشه، زینت فرهنگ اسلامی و مرزبان توحید بود. حکیمی که مفسر آفتاب و مبین مبانی انقلاب اسلامی بود و عاشورا را با عقلی سرخ بازخوانی کرد.
در ادامه این پیام آمده است: آثار او درباره حماسه و قیام حسینی مانند «عاشورا: مظلومیتی مضاعف» بازخوانی ظریف و دقیقی از این آوردگاه بزرگ تاریخ است، آن‌چنان‌که بیان می‌داشت «باید عاشورا را، رمز وحدت اسلامی و اتحاد مسلمانان پیرامون محور قرآن قرار داد» و شگفتا که او نیز در این ایام عاشورایی به سرای باقی شتافت تا شفیع او سالار احرار جهان، حسین بن علی (ع) باشد.
معاون پارلمانی رییس جمهور در پیام خود آورده است: در حکمت و فلسفه نادره زمان و در حدیث و قرآن کم نظیر دوران بود ، او ابوذروار جوینده عدالت بود و تاریخ اسلام را به ترازوی عدالت می‌سنجید.
وی در این پیام یادآور شده است: زنده یاد حکیمی، عالمی عامل، فقیهی کامل، سالکی واصل، کاتبی خبیر، محققی روش ضمیر، مجاهدی بصیر و سخن پردازی توانا بود. دایره‌المعارف حدیثی «الحیاة» سرمایه معنوی جهان اسلام و دخیره اخروی آن دانشمند اندیشه ورز است و دیگر آثار او گنجینه‌ای گرانبها از آموزه‌های اصیل اسلامی است. تدبر و تعقل او در منابع معتبر اسلامی الگویی موفق برای جویندگان و علاقمندان علوم اسلامی است و بی تردید فقدان این مرد آزاده ثلمه‌ای برای فرهنگ ایرانی و اسلامی است.
در ادامه این پیام آمده است: اینجانب که خود را شاگرد و زانونشین مکتب او می‌دانم با اندوه فراوان؛ تسلیت می‌گویم به مقام معظم رهبری که او را رفیق دیرین و اندیشه‌ورزی نوآور و اسلام‌شناسی عدالتخواه خواند. تسلیت به جهان اسلام که فقدان محققی بزرگ و متفکر، چون او ثلمه‌ای جبران ناپذیر است. تسلیت به جامعه علمی و فرهنگی و بلکه به زبان فارسی که سخن پردازی خلاق، شاعری حاذق و نویسنده‌ای صاحب سبک را از دست داد؛ و تسلیت به خاندان مکرم حکیمی و بازماندگان او که سوگوار سوگ سترگی هستند.
معاون رئیس‌جمهور در امور مجلس در پایان پیام خود آورده است: خداوند روح بلند آن مرد آزاده را با بهترین بندگان خدا و اولیاء الله محشور فرماید و ما را در صیانت از میراث گرانقدر آن مجاهد عرصه تفکر و اندیشه موفق بدارد.