به گزارش برنا؛ بعدها، بنای حرم در آغاز دوران صفویه و به همت شاه اسماعیل صفوی و یا در برخی منابع توسط دختر او شاه بیگم، دستخوش تغییراتی اساسی شد و گنبد حرم و ایوان با حفظ اساس پیشین برپا شد. در طول حکومت پادشاهان صفویه، قم همواره مورد توجه ویژه بود.
تصویر سحرانگیز زیر را آنتوان سوروگین در آخرین سالهای سلطنت ناصرالدین شاه قاجار از قم برداشته است.
در زمان قاجار، فتحعلی‌شاه و ناصرالدین‌شاه، نیز بسیار به شهر قم اهمیت می‌دادند، تا آنجا که فتحعلی‌شاه، وصیت کرد او را در قم دفن کنند.
در زمان ناصرالدین‌شاه، گنبدهای حرم را طلاکاری کردند و بنای صحن جدید به دست میرزاعلی‌اصغر امین‌السلطان به مدت هشت سال، به همراه جاده‌ی جدیدی بین تهران و قم ساخته شد.
این شهر از دیرباز، چه به دلیل جاذبۀ زیارتی و چه به دلیل موقعیت جغرافیایی آن -که بر سر راه شهرهای باستانی شیراز و اصفهان قرار داشت- نه فقط مورد علاقه زائران شیعه مذهب بوده، بلکه محل عبور و سیاحت سیاحان فرنگی نیز بوده است. جهانگردان زیادی در سفرنامه‌های خود از شهر قم نام برده‌اند.