بر اساس تغییراتی که از بهمن ماه سال ۹۳ آغاز شده است، این شبکه با حذف، ایجاد و ادغام گروه‌ها و مدیریت‌های مختلف، ساختار جدید سازمانی خود را به روزکرد.
در این میان گروه‌های مستند، فیلم و نمایش، معارف و اندیشه دینی، سیاسی و فرهنگی اجتماعی و واحدهای امور عمومی، امور اداری، پیام نما و روابط عمومی حذف شده‌اند.
همچنین مطابق با ساختار جدید، ضمن ادامه فعالیت گروه دانش، گروه‌های فرهنگ و اندیشه، ادب و هنر و تاریخ به ساختار شبکه علم و فرهنگ اضافه شده‌اند تا در راستای سیاست‌های ابلاغی در امر مهم برنامه‌سازی اقدام کنند.
مدیریت‌های طرح، برنامه و نظارت و آرشیو و کتابخانه نیز به ترتیب به مدیریت طرح و برنامه و مدیریت آرشیو تغییر عنوان داده‌اند.