بعد از تشخیص بیماری، حضرت امام در ساعت 10:30 شب اول خرداد برای آماده شدن جهت جراحی در بیمارستان شماره 2 بقیة‌الله بستری شدند. در شب قبل از عمل یکی دو واحد خون تزریق شد، زیرا نسبت به میزان معمول کم‌خونی داشتند. نحوة خداحافظی حضرت امام با خانواده و نیز حاج سید احمدآقا در موقع آمدن به بیمارستان بسیار عاطفی و معنی‌دار بود. نماز شب مخصوص حضرت امام که از تلویزیون هم قسمت‌هایی از آن پخش شد، ترک نشد. نماز صبح روز بعد را هم به طور معمول ادا کردند و برای جراحی آماده شدند. (روزنگار زندگی و تاریخ سیاسی اجتماعی امام خمینی، ص 72)
آنچه می خوانید بخش هایی از خاطرات حشمت الله رنجبر یکی از اعضای تیم پزشکی حضرت امام(س) از روز بستری شدن ایشان است:
امروز صبح، روز اول خرداد 1368 طبق برنامه، امام آماده براى رفتنبه بیمارستان هستند. قبل از هر چیز به حضور همسرشان مى رسند و ضمن خداحافظى، از ایشان حلالیت مى طلبند و از اینکه وجود ایشان در طول سالهاى تبعید و مبارزه، مشکلاتى را براى خانم ایجاد کرده است، عذرخواهى مى کنند. پسرشان احمد را مى بوسند و از وى و بقیه اهالى خانواده بخصوص دخترانشان خداحافظى مى کنند؛ و اکنون عصا به دست و قدم زنان با همان روحیۀ عالى و صفاى باطنى با همراهان وارد بیمارستان مى شوند و در اتاق بسترى مى گردند. کار نمونه بردارى از معده و آندوسکوپى شروع مى شود. لوله اى که از طریق دهان و مرى باید وارد معده شود، یک شىء زمخت و غیرقابل تحمل است و همه نگران آنند که کار به خوبى انجام نشود؛ زیرا علاوه بر اینکه یک کار آزار دهنده براى بیمار به حساب مى آید، فشار و مشقت آن مى تواند براى قلب امام هم مضر و خطرناک باشد. توان و طاقت بیمار در تحمل این کار لازمۀ موفقیت کار است. این کار به سادگى و بدون اینکه امام واکنشى نشان بدهند، انجام مى پذیرد. به خاطر پایین بودن گلبولهاى خون به ایشان یک واحد خون وصل مى شود. امام در هر موردى با پزشکان همکارى دارند و تسلیم محض آنان هستند و در تمام این مدت، امام کارها و عبادتهاى خود را سروقت انجام مى دهند. حتى شنیدن اخبار رادیوهاى بیگانه را نیز فراموش نمى کنند. سرساعت به اخبار گوش مى دهند و به خاطر این مورد از پسرشان مىخ واهند که رادیوى مخصوص ایشان را بیاورد.
حاج احمد در کنار پرستاران که در اتاق و پشت دستگاه قرار دارند، مى نشیند و به مزاح مى گوید: آقا در این وضعیت هم از شنیدن اخبار رادیوى بیگانه صرفنظر نمى کنند! اگر هر کدام از ما به اندازه ایشان کار و تلاش مى کردیم، دنیا گلستان مى شد. (گوهری در دست های لرزان، ص 47 و 48)