به گزارش گروه سیاسی خبرگزاری برنا، استیضاح رضا فرجی‌دانا، نخستین استیضاح وزراء دولت یازدهم جمهوری اسلامی بود که در روز چهارشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۳ برگزار شد. نهایتاً استیضاح با ۱۴۵ رأی موافق، ۱۱۰ رأی مخالف و ۱۵ رأی ممتنع از مجموع ۲۷۰ رأی مأخوذه رأی آورد و فرجی دانا از وزارت علوم برکنار شد. ساعاتی پس از استیضاح و برکناری فرجی‌دانا، حسن روحانی رییس جمهور ایران در احکامی جداگانه دکتر محمدعلی نجفی را به عنوان سرپرست وزرات علوم و دکتر فرجی‌دانا را به عنوان مشاور رئیس جمهوری در امور علمی و آموزشی منصوب کرد.
روح‌الله حسینیان از چهره‌های شاخص جبهه پایداری و امضاکنندگان استیضاح فرجی دانا «برخی انتصابات و همچنین بحث لغو بورسیه‌هایی در دولت گذشته» را از مهم‌ترین محورهای استیضاح دانسته است. شماری از نمایندگانِ امضاءکننده طرح استیضاح، بورسیه‌های غیرقانونی دوره احمدی‌نژاد هستند. برخی رسانه‌ها استفاده از افرادی که آنها فتنه‌گر می‌خوانند در وزارت علوم، که بیم تشنج در دانشگاه‌ها را قوت بخشیده، باعث این‌اعلام‌کرده‌اند که رضا فرجی‌دانا با استیضاح از سوی نمایندگان در مجلس مواجه شود. سید ناصر موسوی لارگانی عضو «کمیته منتخب استیضاح‌کنندگان» در خصوص شروط انصراف از استیضاح وزیر علوم گفته است: «دانشجویان ستاره‌داری که به دانشگاه بازگشته‌اند و افرادی که در فتنه ۸۸ فعال بوده و دستگیر هم شدند و هم اکنون در پست‌های کلیدی وزارت علوم سمت دارند باید اخراج شوند.» نمایندگان استیضاح کننده یکی از محورهای استیضاح را افشای بورسیه‌های غیرقانونی و جلوگیری از ادامه تحصیل این عده اعلام کردند. آیت الله حسن ممدوحی عضو مجلس خبرگان رهبری با حمله به فرجی دانا، در مصاحبه با انتخاب ابراز کرد: بنده اصلاً این وزیر علوم را قبول ندارم و این فرد یک آدم لاابالی است.
جلسه استیضاح فرجی دانا در روز چهارشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۳ بدون حضور حسن روحانی برگزار شد و موافقان و مخالفان به سخنرانی پرداختند. نهایتاً استیضاح با ۱۴۵ رأی موافق، ۱۱۰ رأی مخالف و ۱۵ رأی ممتنع از مجموع ۲۷۰ رأی مأخوذه رأی آورد و فرجی دانا از وزارت علوم برکنار شد. وی که نخستین وزیر استیضاحی کابینه یازدهم بود در فضایی آرام، بدون تنش و فروتنانه با نمایندگان خداحافظی و مجلس را ترک کرد.
در ۳۱ فروردین ۱۳۹۳، مجلس شورای اسلامی به دلیل انتصابات علی اصغر فانی، وزیر آموزش و پرورش از اصلاح طلبان، با ۷۱ رأی موافق، ۱۱۵ رأی مخالف و ۱۱ رأی ممتنع از مجموع ۲۰۲ رأی مأخوذه به وی کارت زرد مجلس داد. پیش از وی علی طیب نیا، رضا فرجی دانا و علی جنتی نیز از مجلس کارت زرد گرفته بودند و فانی چهارمین وزیر دولت یازدهم بود، که با دریافت کرد زرد با هشدار مجلس مواجه شد.
در ۷ بهمن ۱۳۹۳ نیز، بار دیگر فانی برای پاسخگویی به سوال نمایندگان در مجلس حاضر شد که این بار نیز با کسب ۷۴ رأی موافق، ۱۱۴ رأی مخالف و ۱۴ رأی ممتنع از مجموع ۲۱۵ رأی مأخوذه، نتوانست نمایندگان را قانع کند و دومین کارت زرد خود و نهمین کارت زرد دولت یازدهم را از مجلس دریافت کرد.
در تابستان ۱۳۹۳ و مصادف با استیضاح رضا فرجی‌دانا، برخی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی، خبر از آماده‌شدن طرح استیضاح علی‌اصغر فانی با ۴۰ امضا، برای تحویل به هیئت‌رئیسه مجلس خبر دادند. این استیضاح، بعد از استیضاح فرجی‌دانا، دومین استیضاح نمایندگان علیه وزرای دولت یازدهم محسوب می‌شود که به فاصله کمی از یکدیگر، عملی شدند. در این طرح، ۱۰ دلیل به عنوان مبانی استیضاح معرفی شده که از آن جمله می‌توان به انتصاب مدیران سیاسی و ناکارآمد در آموزش و پرورش، برگشت به‌کار نیروهای بازنشسته، عدم اجرای قانون استخدام مربیان پیش‌دبستانی، حق‌التدریسی و مربیان نهضت سوادآموزی، عدم توجه به بیمه‌های درمان و تکمیلی فرهنگیان و عدم توجه به حوزه تربیتی دانش‌آموزان، اشاره کرد.
تعداد امضاء کنندگان استیضاح بیش از ده نفر است، جلسه استیضاح در روز چهارشنبه ۳ تیر ۱۳۹۴ در صحن علنی مجلس شورای اسلامی برگزار خواهد شد. صبح چهارشنبه ۳ تیر ۱۳۹۴، جلسه استیضاح علی اصغر فانی، وزیر آموزش و پرورش به ریاست محمد حسن ابوترابی فرد در مجلس شورای اسلامی آغاز شد. هیات رییسه مجلس در آغاز جلسه استیضاح وزیر آموزش و پرورش اعلام کرد که در این جلسه فقط موافقان استیضاح صحبت می کنند. جبار کوچکی‌نژاد ارم ساداتی، نماینده رشت ، نادر قاضی پور، نماینده ارومیه ، عبدالوحید فیاضی، نماینده محمود آباد، حامد قادرمزی، نماینده قروه ، غلامحسین سیری، نماینده هشترود، محسن علیمردانی، نماینده زنجان ، محمود شکری، نماینده تالش، سید مهدی موسوی‌نژاد، نماینده دشتستان سخنرانان موافق استیضاح بودند. فانی وزیر آموزش و پرورش را در جلسه استیضاح، اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس جمهور، حجت الاسلام و المسلین سید محمود علوی وزیر اطلاعات و حجت الاسلام و المسلمین مجید انصاری، معاون پارلمانی ریاست جمهوری همراهی کردند. حسن روحانی، رئیس قوه مجریه و علی لاریجانی، رئیس قوه مقننه، از غایبان اصلی این جلسه بودند.
استیضاح وزیر آموزش و پرورش با ۷۶ رأی موافق، ۱۶۷ رأی مخالف و ۱۳ رأی ممتنع از مجموع ۲۵۶، رأی نیاورده و علی اصغر فانی بعنوان وزیر آموزش و پرورش ابقاء گردید.