علی مطهری در گفت‌وگو با «خانه ملت»، درباره برنامه «خندوانه» با بیان این مطلب گفت: در تلویزیون‌های دیگر کشورهای دنیا از موسیقی، رقص و ابزارهای متعدد برای شاد کردن مردم استفاده می‌کنند که این کار برای ما شدنی نیست؛ چراکه در جامعه ضوابطی وجود دارد که ملزم به رعایت آن هستیم.
وی افزود: با توجه به اینکه دست‌اندرکاران برنامه «خندوانه» با رعایت چنین ضوابطی توانسته‌اند مردم را شاد کنند و خنده بر لب آنان بیاورند، کار بزرگی انجام داده‌اند.
نماینده مردم تهران در مجلس، درباره برخی انتقادات مطرح‌شده مبنی بر اینکه «خندوانه» با دعوت از برخی سیاسیون، از اعتماد مردم به این برنامه سوءاستفاده کرده است، گفت: گمان نمی‌کنم که دست‌اندرکاران برنامه «خندوانه» با اهداف سیاسی اقدام به دعوت از این چهره‌ها کرده باشند.
این عضو کمیسیون فرهنگی مجلس شورای اسلامی تصریح کرد: دعوت از آقای حداد عادل در روز ازدواج صورت گرفت که دارای تناسب بود و به نظر نمی‌رسد که برنامه «خندوانه» گرایش سیاسی داشته باشد.