به گزارش گروه سیاسی خبرگزاری برنا، متن بیانیه‌های این مراجع به شرح زیر است:
آیت‌الله مکارم‌شیرازی
«خبر وحشتناک اعدام آیت‌الله شیخ نمر و 46 نفر از بیگناهان جهان اسلام را در بُهت و تعجب فرو برد، به خصوص اینکه این جنایت تحت عنوان خوارج و تکفیر صورت گرفت، اگر کسانی تاکنون تردید داشتند که کانون فتنه و تکفیر در جهان، آل سعود هستند با این نمونه آشکار جای تردیدی باقی نماند.
ما به شدت این جنایت هولناک را محکوم می‌کنیم و به یقین انتقام آن گرفته خواهد شد و می‌دانیم این جنایت انتقام شکست‌هایی است که آل سعود در عراق و سوریه و یمن دامنگیرشان شده است، ولی باید در انتظار شکست‌های مهم‌تری در این سه منطقه باشند.
به یقین این جنایت، بدون اطلاع آمریکا نبوده است، آنها در مسائل کم اهمیت‌تری با نظر آنها اقدام می‌کنند و می‌دانیم در راستای ایجاد جنگ طائفه‌ای میان سنی و شیعه است، اما هم سعودی‌ها و هم آمریکا کور خوانده‌اند، ما با برادران اهل سنت اختلافی نداریم، اختلاف ما با تکفیری‌هاست که همه مسلمین در برابر آنها اتفاق نظر دارند.
آل سعود بدانند این جنایت فراموش نشدنی است و آثار این کار نابخردانه را در آینده خواهند دید.
نه تنها شیعیان جهان و اهل سنت این جنایت را شدیدا محکوم می‌کنند، بلکه تمام آزادگان دنیا نیز آن را محکوم خواهند کرد.
آنها چه گناهی داشتند، قیام مسلحانه کردند؟! کسی را کشته بودند؟! تنها گناهشان این بود که می‌گفتند اقلیت شیعه در عربستان سعودی از حقوق حقه خویش باید برخوردار شوند و برای انجام مراسم مذهبی آزاد باشند. آیا این گناه است و در خور آن جنایت سنگین.
ان ربک لبالمرصاد
ناصر مکارم شیرازی»
آیت‌الله صافی
«بسم الله الرحمن الرحیم
و من قتل مظلوماً فقد جعلنا لولیه سلطانا
با کمال تأسف و تأثر مطلع شدیم که رژیم سفاک و خون آشام سعودی، بار دیگر طینت جنایتکارانه‌ی خود را نشان داد و یکی از بندگان بی‌گناه، مظلوم و آزاده را با تعداد دیگری از ستمدیدگان به شهادت رساند. رژیمی که با نوشیدن خون پاک مظلومان و آزادگان خود را سیراب نموده و راه و رسم جنایتکاران بزرگ تاریخ را دنبال می‌نماید.
شهادت عالم آزاده، روحانی عالی مقام، شهید بزرگوار شیخ نمر رضوان الله تعالی علیه روی سیاه این رژیم را سیاه‌تر و خبث و پلیدی باطن آنها را آشکارتر نمود.
انا لله و انا الیه راجعون
حکام آل سعود که ان‌شاءالله تعالی سقوط آنان نزدیک است بدانند که خون به ناحق ریخته این روحانی شهید، خواب راحت را از آنان سلب نموده، جهان اسلام را بیدار کرده و راه سقوط را برای این رژیم هموار خواهد نمود. مسلماً این جنایت ددمنشانه را آزادگان دنیا و مجامع آزاد بین المللی محکوم خواهند نمود و فریاد مظلومیت این شهید بزرگوار به گوش جهانیان خواهد رسید.
اینجانب به جهان اسلام و مردم غیور و مسلمان عربستان که از ستم و جنایات رژیم سفاک خود خسته شده‌اند و به خانواده بزرگ و داغدار این شهید بزرگوار تبریک و تسلیت گفته، ترفیع درجات این شهید سعید و سایر شهیدان را از خداوند متعال مسئلت دارم.
و سَیعلَمُ الّذینَ ظَلَموا أَی منقَلَبٍ ینقَلِبونَ
21 ربیع الاول 1437
لطف‌الله صافی»
آیت‌الله نوری‌همدانی
آیت‌الله نوری‌همدانی در دیدار برگزار کنندگان نخستین اجلاس نماز قم و اعضای ستاد اقامه نماز این استان اظهار کرد: با کمال تأثر خبری مبنی بر اعدام مغرضانه و ظالمانه شیخ نمر از سوی عربستان سعودی منتشر شده است که جای تأسف بسیار دارد.
وی بیان کرد: عربستان سعودی از مذهبی خرافی برخوردار است، مذهبی که با بهره گیری از پشتیبانی‌های آمریکا و صهیونیست، تکفیری‌ها، داعش و بوکوحرام را تربیت می‌کند تا اسلام را خشن و بدنام معرفی می‌کند.
آیت‌الله نوری همدانی ضمن محکوم کردن اعدام شیخ نمر از سوی عربستان سعودی، تصریح کرد: در برابر این جریان که دهن کجی بزرگی به اهل خرد شیعه و سنی است، همگان باید عکس العمل نشان دهند.
وی خاطرنشان کرد: علمای شیعه و سنی بلاد اسلامی باید در خصوص اقدام نابجای عربستان سعودی در اعدام مغرضانه عالم دینی، تصمیم بگیرند اما فعلا این مسأله را محکوم می‌کنیم.