به گزارش گروه خبر خبرگزاری برنا، «تاریخ ایرانی» در ادامه نوشت: بعد از بازداشت امام خمینی در 15 خرداد سال 1342 مصطفی خمینی به صدای رسای امام در بیرون از زندان تبدیل شد. او امور جاریه امام را تمام و کمال به عهده گرفته و ارتباطات گسترده‌ای را با مبارزین در سراسر کشور برقرار کرد. مبارزات وی از چشم نیروهای امنیتی به دور نماند و در نهایت به بازداشت وی منجر شد.
مأمور ویژه ساواک در گزارشی که هفدهم تیرماه همان سال به مقام مافوق ارائه کرده، می‌نویسد: «در شهرستان قم، پسر آیت‌الله خمینی که معمم می‌باشد به جای وی نشسته و دستورهای او را به مورد اجرا می‌گذارد و اعلامیه‌هایی تهیه و برای روحانیون می‌فرستند.»
رئیس ساواک تهران نیز یک روز بعد، ضمن تکمیل گزارش مزبور، مراتب را به اطلاع رئیس کل ساواک می‌رساند: «بعد از دستگیری و بازداشت آیت‌الله خمینی پسر وی به نام سیدمصطفی که معمم نیز می‌باشد، امور جاریه را انجام می‌دهد و پول‌هایی هم توسط بازاریان تهران جهت شهریه طلاب رسیده که شهریه ماه جاری طلاب حوزه علمیه قم، به وسیله نامبرده پرداخت گردیده است.»
ارتباط مبارزان و مخالفان رژیم، تبادل خبر‌ها و پیام‌ها بین آنان و امام خمینی یکی دیگر از فعالیت‌های آقامصطفی در آن ایام بود. امام ابتدا در حبس و سپس در حصر قرار داشت و لذا امکان ارتباط مستقیم با مردم و انقلابیون برایش وجود نداشت، بنابراین فرزند ارشدش که از معدود افرادی بود که اجازه ملاقات با پدر را داشت، تامین کننده بخش قابل توجهی از این نیاز ارتباطی بود.
رفت و آمد بین تهران و قم و نیز مسافرت به مشهد برای ملاقات با آیت‌الله میلانی از دیگر فعالیت‌های سیدمصطفی در دوره حصر امام به شمار می‌آید. مأمور نفوذی ساواک درباره سفر وی به مشهد اینچنین نوشته است: «آقامصطفی پسر آقای خمینی روز جمعه 18 مرداد 42 به مشهد مسافرت نموده است. ظاهراً این مسافرت به منظور ادای نذری بوده که برای استخلاص پدرش نموده است و به طوری که ظاهراً نشان می‌دهد پدرش چندان رغبتی به انجام این مسافرت نداشته است.»
بر اساس اسناد ساواک، مسافرت به مشهد یک بار دیگر تکرار شد و آن هنگامی بود که گروهی از علمای تبریز بازداشت شدند. در این هنگام آقامصطفی برای دیدار با آیت‌الله میلانی راهی مشهد شد. در این گزارش تصریح شده است: «سیدمصطفی خمینی، فرزند آیت‌الله خمینی شدیداً علیه دولت فعالیت می‌نماید.»
فعالیت‌های متراکم و شدید سیدمصطفی سرانجام به احضار وی توسط سپهبد نصیری، رئیس شهربانی کل کشور و فرماندار نظامی تهران و اخطار و تهدید او انجامید. نصیری روز شنبه 16 شهریور 1342 پس از آنکه سیدمصطفی خمینی را به دفتر خود احضار کرد، با اشاره به فعالیت‌ها و ارتباطات وی به فرزند امام اخطار داد: «چنانچه مشارالیه در رویه خویش تجدیدنظری به عمل نیاورد و مراوده خود را با روحانیون مزبور و افراد ناراحت قطع نکند با عکس‌العمل شدیدی از طرف مقامات و مراجع مربوطه روبه‌رو خواهد شد.»
با وجود این اخطار مرور برخی از اسناد ساواک خبر از مسافرت‌های آقا مصطفی به برخی شهر‌ها مانند مشهد، اصفهان و خمین در نیمه اول سال 43 برای انجام برخی هماهنگی‌ها در امر مبارزه می‌دهد. در همان سال در حالی که امام خمینی در پی سخنرانی اعتراض‌آمیز علیه کاپیتولاسیون بازداشت و بلافاصله از ایران تبعید شد، آقامصطفی بیکار ننشست و دست به اقداماتی زد که البته چون خوشایند رژیم نبود با واکنش قهری دستگاه امنیتی مواجه شد. این ماجرا در گزارش مورخ 13 آبان 1343 به امضای سرهنگ پرتو رئیس شهربانی قم چنین منعکس شده است: «چون پس از دستگیری آیت‌الله خمینی، سیدمصطفی فرزند وی به روحانیون مراجعه و مشغول تحریک و صاحبان دکاکین را ترغیب به بستن می‌نمود، لذا نامبرده ساعت 10:15 دقیقه صبح با کمک ماموران ساواک دستگیر و به ساواک قم تحویل داده شد.»
سرهنگ پرتو در گزارش بعدی خطاب به اداره اطلاعات شهربانی چنین نوشت: «پس از دستگیری پسر خمینی وضع آرام‌تر و عده‌ای دکاکین خیابان‌ها را باز و مشغول کسب شدند. ولی بازار کماکان تعطیل است.» بعد از این اتفاق رییس شهربانی قم به پیشکار آیت‌الله گلپایگانی که از طرف ایشان و آیت‌الله شیخ هاشم آملی درخواست آزادی آقامصطفی را کرد، چنین پاسخ داد: «چون نامبرده تحریکاتی می‌نمود ممکن بود در اثر تحریکات وی زد و خوردی روی دهد، لذا به وسیله ماموران دستگیر و به تهران اعزام شده است.»
آقامصطفی پس از بازداشت و انتقال به تهران در ساعت 9 شب 13 آبان تحویل زندان قزل‌قلعه شد و روز بعد رئیس شعبه 7 بازپرسی دادستانی ارتش برای وی به اتهام «اقدام بر ضد امنیت داخلی مملکت» قرار بازداشت موقت صادر کرد. این قرار در تاریخ 20 آذرماه 1343 توسط رئیس دادگاه عادی شماره یک اداره دادرسی ارتش مورد تأیید واقع شده و وی کماکان در زندان قزل‌قلعه محبوس باقی ماند.
سیدمصطفی خمینی پس از نزدیک به دو ماه حبس در قزل‌قلعه در ساعت 18 روز 1343.10.8 از زندان مرخص شد. ساواک تصمیم به تبعید او گرفته بود اما نحوه ابلاغ این موضوع به خودش چنان دوپهلو بود که وی تصور می‌کرد منظور آن‌ها سفری داوطلبانه به ترکیه است تا از پدرش دیدار کند. اینچنین بود که وقتی وی پس از آزادی به قم بازگشت، از این سفر اعلام انصراف کرد. ساواک که ماجرا را طور دیگری پیش‌بینی کرده بود، لاجرم ساعت 11:45 دقیقه صبح روز 13 دی‌ماه 1343 مجدداً آقامصطفی را بازداشت و راهی تهران کرد.
ساواک که وجود سیدمصطفی خمینی در داخل کشور را به ضرر رژیم ارزیابی می‌کرد سرانجام در ساعت 5:30 دقیقه بامداد روز بعد او را به اجبار از کشور اخراج کرد تا وی نزد پدرش زندگی در تبعید را آغاز کند. بدین ترتیب سیدمصطفی خمینی در بامداد روز 14 دی 1343 در پی دومین نوبت بازداشت توسط ساواک، مجبور به ترک اجباری ایران و آغاز تبعیدی ابدی شد.