به گزارش گروه خبر خبرگزاری برنا، متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیّد محمّدباقر خوانساری رحمت‌الله علیه را که از نخستین روزهای نهضت امام خمینی رضوان الله علیه در شمار مدافعان فعّال نهضت محسوب می‌شدند و اقدامات ایشان در نجف اشرف در حمایت از امام خمینی منشأ اثر بود، به بازماندگان محترم و عموم ارادتمندان و علاقمندان به ایشان تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آن مرحوم را از خداوند متعال خواستارم.