کار تدارک و تدوین دانشنامه خلیج فارس، با توجه به ماهیت مطالب و مدخل‌های مرتبط با آن، در ۲ بخش اصلی و ۸ مجلد آغاز شده است.
بخش نخست که خود شامل ۴ مجلد است، بر اساس شناختِ ویژگی‌های عمومی، ازجمله شامل این مباحث است: بررسی و نقد منابع شناخت، ویژگی‌های محیطی - زیستی، ساختار زمین و اشکال ناهمواری‌ها، ویژگی‌های آب و هوایی (اقلیم)، منابع تأمین آب، خصوصیات خاک، پوشش گیاهی، حیات جانوریِ منطقه، نواحی و چشم‌اندازهای باارزش زیست‌محیطی، مسائل زیست‌محیطی، ویژگی‌های جغرافیایی - تاریخی و قومی - فرهنگی، منطقه‌بندی سیاسی کشورهای منطقه، جزایر، جایگاه تاریخی در تجارت و مبادله کالایی، ترکیب قومیِ ساکنان سواحل و جزایر و گروه‌های زبانی و گویش‌های مختلف.
شیوه‌های تاریخی زندگی انسانی، سابقه سکونت در سواحل و جزایر، ویژگی‌های جمعیتی منطقه، ویژگی‌های سیاسی‌ـ حقوقی، رخدادهای سیاسی، کشورها و مرزها و نظام‌های سیاسی، روابط بین کشورهای منطقه، نظام‌های حقوقی و قوانین، آموزش، بهداشت و تأمین اجتماعی در منطقه، رفاه و درآمد ملی، وسائل ارتباط ج‌هانی، نظام‌های سکونتگاهی در منطقه، نظام‌های اقتصادی منطقه، انرژی و صنایع نفت و گاز، راه‌ها و حمل و نقل دریایی، شبکه راه‌ها و حمل‌ونقل زمینی، و تجارت و بازرگانی، دیگر مباحث این بخش است.
بخش دوم این دانشنامه هم شامل ۴ مجلد است که براساس مدخل‌های مختلف، اعم از مکان‌ها، شخصیت‌ها، رخدادها، عهدنامه‌ها، کشورها، و... تنظیم شده است.
هم اکنون استخراج مدخل‌های دانشنامه خلیج فارس برای آغاز کردن کارهای دیگر به انجام رسیده است.