به گزارش گروه پارلمانی خبرگزاری برنا؛ بر اساس ماده 20 لایحه مذکور، به وزارت آموزش اجازه داده می‌شود سالانه معادل 4 درصد از شهریه دریافتی توسط مراکز آموزشی و پرورشی غیردولتی را دریافت و به حساب درآمدهای اختصاصی ملی نزد خزانه‌داری کل کشور واریز نماید. معادل وجوه واریزی از این محل در اختیار سازمان مدارس و مراکز غیردولتی و توسعه مشارکت‌های مردمی قرار می‌گیرد تا برای نظارت در مراکز یاد شده و کیفیت‌بخشی به امور آموزشی و پرورشی غیردولتی مناطق محروم و کم‌برخوردار هزینه شود. مبالغ دریافتی به عنوان علی‌الحساب مالیاتی مراکز مذکور در مفاصا حساب آنها منظور می‌شود.
بر اساس مصوبه مجلس، تبصره 3 این ماده نیز حذف شد.
بر اساس تغییر دیگر مجلس، تبصره ماده یک ماده 21 لایحه مذکور، مدیران مدارس مختص اقلیت‌های دینی شناخته شده در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران باید ضمن اعتقاد به مبانی دینی خود، متجاحر به نقض احکام اسلامی در انظار عمومی نباشند و توسط مراجع رسمی خود که تابع و مقیم ایران هستند یا نمایندگان مورد تایید ایشان به آموزش و پرورش معرفی می‌شوند.
بر اساس دیگر اصلاحیه مجلس در تبصره یک ماده 25، بخشی از حق بیمه سهم موسس و کارکنان غیررسمی مدارس غیردولتی را از محل اعتبارات صندوق حمایت از توسعه مدارس غیردولتی قابل پرداخت است.
مجلس با اصلاح ماده 26 لایحه فوق، تعیین حقوق و مزایای کارکنان غیررسمی و رسمی غیرموظف این مدارس و مراکز را به موجب قانون کار و ضوابط آن تعیین کرد.
مجلس با اصلاح تبصره 2 ماده 32 لایحه مذکور مصوب کرد در صورت انحلال یا تعطیلی دائم مدرسه و وجود شرایط مقرر در بندهای الف و ب این ماده و تایید شورای سیاستگذاری، برنامه‌ریزی و نظارت مرکزی، موسس موظف است فروش یا اجاره ملک را از طریق انتشار آگهی به اطلاع موسسان واجد شرایط برساند در صورتی که هیچ موسس واجد شرایطی متقاضی خرید یا اجاره ملک نباشد آموزش و پرورش می‌تواند ملک مورد نظر را خریداری یا برای دایر کردن مدرسه دولتی برابر قوانین و مقررات مربوطه اجاره نماید در غیر این صورت شورای سیاستگذاری و نظارت مرکزی نسبت به تعیین وضعیت اجاره یا فروش ملک تصمیم لازم را اتخاذ می‌کند.