به گزارش گروه سیاسی خبرگزاری برنا، کواکبیان به لاریجانی اعتراض کرد که چرا به رهبری نامه نوشته و خطاب به رئیس مجلس گفت: شما بر چه اساس درباره لایحه برنامه ششم به رهبر انقلاب نامه نوشته اید؟ چرا شما از طرف مجلس به رهبر انقلاب نامه نوشته اید؟
لاریجانی نیز در پاسخ به او گفت: مگر بنده برای نامه نگاری به نظر شما احتیاج دارم؟ از این به بعد در کنار دفترم اتاقی قرار می دهم که نامه ها به امضای "پروفسور کواکبیان" ممهور شود. رئیس مجلس می تواند براساس اختیارات خود به رهبری نامه بنویسد، این انتقاد عجیبی است.
وی تاکید کرد: این نامه از سوی رییس‌مجلس به رهبری نوشته شده و نه از سوی مجلس.