به گزارش خبرگزاری برنا از قم، این مکان مقدس در طول قرن ها و اعصار، پناهگاه شیعیان و پایگاه منتظران و تجلی گاه حضرت صاحل الزمان (عج) بوده است.
محدث کبیر، علامه میرزا حسین نوری متوفای ١٣٢٠ ه ق در کتاب ارزشمند نجم الثاقب که به فرمان میرزای بزرگ آن را تالیف نموده است،تاریخچه تاسیس مسجد مقدس جمکران این گونه بیان شده است.
شیخ فاضل، حسن بن محمد بن حسن قمی معاصر شیخ صدوق، در کتاب تاریخ قم از کتاب «مونس الحزین فی معرفه الحق و الیقین » از تالیفات شیخ صدوق بنای مسجد جمکران را به این عبارت نقل کرده است:
شیخ عفیف صالح حسن بن مثله جمکرانی می گوید:شب سه شنبه، هفدهم ماه مبارک رمضان ۳۹۳ هجری، در سرای خود خوابیده بودم که جماعتی به در سرای من آمدند. نصفی از شب گذشته بود. مرا بیدار کردند و گفتند:برخیز و امر امام محمد مهدی صاحب الزمان(ع) را اجابت کن که ترا می‌خواند.
حسن بن مثله می‌گوید:«من، برخاستم و آماده شدم» چون به در سرای رسیدم، جماعتی از بزرگان را دیدم، سلام کردم، جواب دادند و خوشامد گفتند و مرا به آن جایگاه که اکنون مسجد جمکران است آوردند.
چون نیک نگاه کردم، دیدم تختی نهاده و فرشی نیکو بر آن تخت گسترده و بالش‌های نیکو نهاده و جوانی سی ساله، بر روی تخت، بر چهار بالش، تکیه کرده، پیر مردی در مقابل او نشسته، کتابی در دست گرفته، بر آن جوان می‌خواند.
بیش از شصت مرد که برخی جامۀ سفید و برخی جامۀ سبز بر تن داشتند، برگرد او روی زمین نماز می‌خواندند.آن پیر مرد که حضرت خضر (ع) بود، مرا نشاند و حضرت امام (ع) مرا به نام خود خواند و فرمود: در زمینی که تا به حال کشت و زرع می کردی، دیگر اجازه نداری زراعت کنی و هرچه از این زمین منفعت برده‌ای، باید برگردانی تا در این موضع مسجدی بنا کنند.
به حسن بن مثله بگو:«این جا، زمین شریفی است و حق تعالی این زمین را از زمین‌های دیگر برگزیده و شریف کرده است، تو آن را گرفته به زمین خود ملحق کرده‌ای! خداوند، دو پسر جوان از تو گرفت و هنوز هم متنبّه نشده‌ای! اگر از این کار بر حذر نشوی، نقمت خداوند، از ناحیه‌ای که گمان نمی‌بری بر تو فرو می‌ریزد».
حسن بن مثله عرض کرد: «سید و مولای من! مرا در این باره، نشانی لازم است؛ زیرا مردم سخن مرا بدون نشانه و دلیل نمی‌پذیرند، »امام (ع) فرمود: «تو برو رسالت خود را انجام بده، ما در این جا علامتی می‌گذاریم که گواه گفتار تو باشد.
برو به نزد سید ابوالحسن، و بگو تا برخیزد و بیاید و آن مرد را بیاورد و منفعت چند ساله را از او بگیرد و به دیگران دهد تا بنای مسجد بنهند، و باقی وجوه را از رهق به ناحیة اردهال که ملک ما است، بیاورد، و مسجد را تمام کند، و نصف رهق را بر این مسجد وقف کردیم که هر ساله وجوه آن را بیاورند و صرف عمارت مسجد کنند.