به گزارش گروه باشگاه جوانی خبرگزاری برنا به نقل از دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت الله العظمی خامنه ای، آیت‌الله خامنه‌ای عازم بیرجند، پایگاه خاندانیِ اسدالله علم شد. مسئولان امنیتی بیرجند در شب تاسوعا، آیت‌الله خامنه‌ای را بازداشت و پس از یک شب بازداشت، به شرط ترک منبر آزاد کردند. سه روز بعد، واقعه پانزدهم خرداد در شهر قم به وقوع پیوست که ایشان به دلیل فعالیت‌های اعتراضی پس از این واقعه دوباره دستگیر و ده روز هم در زندان نظامی محبوس شد. گفتگوی آیت‌الله خامنه‌ای با ماموران امنیتی رژیم در ماجرای این دستگیری نشان از روحیه بالای ایشان می‌دهد: «پرسید: از طرف چه کسی مأمورید؟ گفتم: از جانب خدا... سخت تحت تأثیر قرار گرفت و گفت : این کار خطر دارد؛ مشکلات دارد؛ شما جوانید. گفتم: من فکر نمی‌کنم بالاتر از اعدام کاری باشد؛ شما بالاتر از اعدام ندارید و من خودم را برای اعدام آماده کرده‌ام. همه کارهای شما زیر اعدام است. واقعاً مبهوت شده بود و گفت: شما که خود را برای اعدام آماده کرده‌اید، من به شما چه بگویم.»
رمضان (بهمن) همان سال، فرصت تبلیغ مجددی پیش آمد که آیت‌الله خامنه‌ای شهرهای کرمان و زاهدان را انتخاب کردند. پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانى و دیدار با علمای شهر، عازم زاهدان شدند. سخنرانى‌های متعرضانه و کنایه‌دار ایشان در این شهرها، به‌ویژه در روز ششم بهمن (سالگرد همه‌پرسی انقلاب سفید) به‌سرعت توجه مراقبان امنیتی رژیم را جلب کرد تا اینکه در روز پانزدهم رمضان، روز میلاد امام حسن (ع)، ساواک شبانه ایشان را دستگیر کرد و با هواپیما به تهران فرستاد. دو ماه زندان انفرادى در قزل‌قلعه، مجازات این سخنرانیها بود؛ مجازاتی که پس از مراحلی از بازجویی و شکنجه‌های روانی تعیین شد: «اذیت زبانی و تضییع و اهانت‌های خیلی بد [کردند]، حرفهای خیلی زشت آنجا زدند که من یادم نمی‌رود. [جزئیات آن را] نمی‌خواهم... بگویم. برخورد خیلی تندی کردند... نه اینکه وحشت کنم بترسم، اما احساس تنهایی کردم؛ واقعا احساس کردم هیچ کس نیست که به من کمک کند و پناه بردم به خدا.»