یکی از کلیدی‌ترین بخش‌های این صنعت، شرکتهای هواپیمایی هستند که همگی تحت نظارت این سازمان، به عنوان نماینده حاکمیت در تامین منافع عمومی فعالیت می‌نمایند.
هواپیمایی غیر نظامی در ایران همواره در معرض محدودیت‌های ناشی از دشمنی بدخواهان ملت ایران و رقبای خارجی خود در عرصه هوانوردی بوده است.
آزادسازی واقعی اقتصادی رخ داده در این بخش که به معنای رفع انحصار دولتی در این زمینه بوده، باعث شده است تا تعداد قابل توجهی از شرکتهای خصوصی با مدیریت و سرمایه غیر دولتی وارد بازار رقابت در این عرصه شوند و در سالهای اخیر، رقابت بر سر کسب مشتریان از طریق ارائه قیمت‌های رقابتی، سعی در تثبیت برند از مسیر کیفیت درک شده توسط مشتری و تنوع مسیرهای پروازی توسط شرکتهای هواپیمایی، موضوع حمل و نقل هوایی را به بحثی قابل توجه در افکار عمومی تبدیل نموده است. برخی از این شرکتها، در عرصه رقابت بین‌المللی نیز بسیار خوب ظاهر شده و با اتصال منظم مقاصد خارجی به یکدیگر از طریق ایران، به عنوان یک رقیب جدی در حوزه مسافران ترانزیتی هوایی در منطقه مطرح شوند.
پس از انتشار اخبار و تبلیغاتی در خصوص محدود ساختن پروازهای هواپیمایی ماهان به کشور آلمان، در نهایت تعلیق مجوز پروازهای ماهان به کشور آلمان به آن شرکت اعلام گردید.
هواپیمایی ماهان، یک شرکت حمل و نقل هوایی تجاری است که مجوزهای لازم را از سازمان هواپیمایی کشوری دریافت کرده و برای اطمینان از رعایت تمامی الزامات ایمنی و امنیتی تحت نظارت دائم این سازمان بوده و هیچ نوع نگرانی ایمنی و امنیتی که ادامه پروازهای این شرکت را با محدودیت مواجه سازد در نظارت‌های سازمان هواپیمایی کشوری یافته نشده و توسط سایر سازمان‌های هواپیمایی کشوری، از جمله سازمان‌های اروپایی و سازمان هواپیمایی کشوری آلمان نیز گزارش نشده است. این شرکت در روزهای اخیر موفق به تمدید مجوز فعالیت در اروپا، با کسب امتیازی برتر از قبل شده است.
سازمان هواپیمایی کشوری، تصمیم دولت آلمان را در تعلیق مجوزهای پروازی ماهان به آن کشور غیر قابل توجیه و غیر حرفه‌ای ارزیابی می‌کند و آن را ناشی از فشار سیاسی و موضوعاتی غیر مرتبط با هواپیمایی و شرکت ماهان می‌داند.
از نظر ما، این تصمیم در راستای جنگ اقتصادی با ملت ایران بر سازمان هواپیمایی کشوری آلمان تحمیل شده است. هواپیمایی ماهان، خدمات شایسته و سطح بالایی در سطح بین‌المللی ارائه می‌نماید و مسافران آسیایی و اروپایی زیادی، استفاده از ماهان را برای سفرهای خود ترجیح می‌دهند. این شرکت، خدماتی ارزشمند در حوزه سفرهای داخلی ارائه می‌دهد و با توجه به تنوع ناوگان خود به بسیاری از شهرهای کوچک و محروم کشور نیز پرواز داشته و دوشادوش دیگر شرکتهای هواپیمایی در جابجایی سریع مردم و کاهش فاصله‌ها و افزایش فرصت‌های برابر نقش دارد.
این محدودیت نشان از قدرت صنعت هوانوردی کشور و شرکت تحریم شده دارد، زیرا در جنگ اقتصادی و روانی کنونی، دشمنان به دنبال مبارزه با نقاط قوت کشور هستند.
در شرایطی که شرکتهای هواپیمایی کشورهای منطقه باید برای رسیدن به مسافر، مقصد و نیروی کار خارجی مبارزه کنند، برخورداری از سرزمینی وسیع و جذاب برای سفر، ملتی پرتعداد و برخوردار با فرهنگی بی‌بدیل که سفر بخشی از زندگی شادمانه آنان است و هموطنانی پرافتخار در خارج کشور که با میهن خود در تعامل و ترددی دائمی هستند در کنار حضور نیروی انسانی توانمند و تحصیل کرده برای اداره صنعت هواپیمایی، اساس توسعه و پایداری حمل و نقل هوایی داخلی و بین‌المللی ما را شکل داده است.
سازمان هواپیمایی کشوری به ولی نعمتان خود، مردم شریف ایران، این اطمینان را می‌دهد که صنعت حمل و نقل هوایی در خدمت رسانی به آنان از هر نوع تلاشی دریغ نخواهد نمود و پشتیبانی هوشمندانه مردم از فرزندانشان در این صنعت را مایه مباهات خود دانسته و به مثابه امانتداری صدیق، حافظ منافع کشور در این حوزه خواهد بود.
سازمان هواپیمایی کشوری با کمک تمامی مراجع در کشور و شرکتهای هواپیمایی، تدابیر لازم جهت مقابله با این تصمیم بعمل آورده و گسترش مقاصد خارجی پروازی شرکتهای هواپیمایی ایرانی را در دستور کار قرار داده و اطمینان می‌دهد که پرچم ایران در آسمان جهان در اهتزار خواهد بود.