مرحله دوم هفدهمین دوره مسابقات شنا جام باشگاه‌های کشور سال ۱۳۹۸ در استخر قهرمانی آزادی تهران برگزار می‌شد. این مرحله با حضور ۱۰ تیم و با برگزاری ۶ ماده در پیگیری شد
استخر شهید هاشمی نژاد مشهد، آکادمی ۹ دی و آزادی ، پرسپولیس ، توسعه شنای البرز، هتل آپارتمان کورش کرمانشاه، کیان شنای گلستان، عقاب نهاجا، مقاومت بسیج، نفت تهران و نفت امیدیه ۱۰ تیم حاضر در هفدهمین دوره لیگ شنای باشگاه‌های کشور هستند.
